Santorini se nalazi u Egejskom moru i pripada ostrvskoj grupi Kiklade. Obuhvata teritoriju od oko 96 km2, dužina obale je 69 km. Zapadna strana ostrva, ona koja je okrenuta prema vulkanu je stenovita i strma i naziva se KALDERA. U jugoistočnom delu nalazi se krečnjačka planina Mesa Vouno sa najvišim vrhom Prophitis Ilias. Klima je umerena mediteranska. Tokom leta duva severoistočni vetar poznat po imenu meltemi, a tokom zime temperatura nikada ne ide ispod 10 °C. Kiša pada zimi dok tokom leta nema kišnih dana.
